La Agricultura Orgánica debe basarse en una comprensión profunda y el manejo comprensivo de los procesos e interacciones en el cual todos los elementos (el terreno, las plantas, los animales, los insectos, el agricultor, región, etc.) están estrechamente vinculados unos con otros.
La agricultura convencional o industrial se enfoca en lograr rendimientos máximos en un cultivo específico, se basa en una comprensión más bien simple de que los rendimientos del cultivo son aumentados por el uso de nutrientes y reducidos por las plagas, enfermedades y malezas, los que por consiguiente deben ser combatidos.
La Agricultura Orgánica es una forma integral u holística de agricultura, además de promover la intensificación de los procesos naturales para incrementar la producción de alimentos sanos y nutritivos, meta importante es la conservación de los recursos naturales, cuidar la fertilidad del suelo, mantener las aguas limpias, generar una rica biodiversidad y reducir el deterioro del clima que esta pueda ocasionar. El arte de la Agricultura Orgánica es hacer el mejor uso de los principios y procesos ecológicos adaptados a las condiciones del lugar del emplazamiento.
La Agricultura Orgánica, no es una agricultura de recetas, ni de sustitución de insumos, sino más bien una agricultura que se desarrolla a partir de un entendimiento cabal de la naturaleza, redescubre sabiduría antigua del uso de cultivos y fertilización natural, que aparece como una alternativa a la Agricultura Convencional o Industrial fundamentada en la química inorgánica, altamente soluble, e ignora los aspectos biológicos.
La Agricultura Orgánica no es un retroceso sino un sistema moderno de agricultura. Este sistema a desarrollado métodos modernos que certera y conscientemente aprovecha los logros del desarrollo técnico y biológico, biotecnología.
Entre tanto ya se ha demostrado científicamente que la Agricultura Orgánica es el sistema de cultivos que mejor cuidad el medio ambiente y por lo tanto el más sostenible.
Considerando el punto de vista social, también es objetivo de la Agricultura Orgánica que el agricultor (campesino) esté bien considerado socialmente, que su producción sea remunerada en lo que realmente vale y que sea lo más autosuficiente posible, tanto en fertilizantes como en fitosanitarios.
Los ecosistemas naturales sirven de modelo para los sistemas de Agricultura Orgánica. Los agricultores orgánicos pueden aprender bastante del estudio de las interacciones en ecosistemas naturales, como los bosques.